Il Museo delle Navi antiche di Pisa, ospitato negli splendidi arsenali medicei rinascimentali progettati dal Buontalenti per Cosimo I dei Medici, è un raro esempio di integrazione tra strutture di valore storico e museo archeologico. L’allestimento, rispettando sia le strutture originali che le complesse fasi che hanno visto la trasformazione del monumento in stalla, caserma e centro di riproduzione ippica, si articola in 8 grandi aree tematiche che ospitano in una esposizione meditata ed organizzata i reperti provenienti dal territorio di Pisa e soprattutto quelli provenienti dallo scavo delle navi antiche.
La prima sezione, la terra tra i due fiumi, ospita i materiali che illustrano la storia della città di Pisa dalle origini fino all’età longobarda. la seconda sezione, terra e acqua, è invece dedicata all’economia del territorio pisano, ed ospita materiali archeologici suddivisi per tipologie a testimonianza delle attività economiche che consentivano sostentamento, produzione e commercio della area pisana. In un percorso che mostra la distruttività de la furia delle acque che hanno creato il grande complesso archeologico delle navi di Pisa. l’esposizione delle navi nelle loro varie tipologie occupa due aree tematiche, navalia e le navi. Nella prima si affronta il tema dello scavo delle navi, della costruzione navale e delle attività legate al restauro, mentre nella seguente area tematica vengono esposti i principali relitti rinvenuti e restaurati, tra cui spiccano l’Alkedo, nave di età augustea a remi, la nave I, un traghetto fluviale rinvenuto con il suo argano di manovra, la nave D, un barcone fluviale da renaiolo di età tardoantica.
L’esposizione prosegue con una area dedicata ai commerci, dove viene esposta, sulla monumentale parete delle anfore, una completa tipologia delle anfore da trasporto antiche. La sezione la navigazione introduce alle tecniche di navigazione a vela, di ormeggio, di manovra, di orientamento sul mare, reperti rilevanti sono la grande ancora in legno di quercia (II sec. d.C.), i resti di una vela con cime ed impiombature, le numerose manovre, bitte, bozzelli e carrucole in legno rinvenute nello scavo. Il museo si conclude con l’area tematica dedicata alla vita di bordo, dove sono esposti alcuni dei più famosi reperti del museo, un giaccone in pelle di età augustea e un baule-cassetta di legno che ha conservato tutto il bagaglio di un antico navigatore.